X, Axl e Zero são convocados a uma missão próxima à Torre Jakob para investigar um único Reploid estilo-caranguejo. Eles o enfrentam e o derrotam, mas são interrompidos por uma salva de mísseis vinda de Vile, que foi aparentemente revivido desde sua derrota no Mega Man X3. Vile seqüestrou o líder do Projeto Jakob, Lumine, por razões desconhecidas e se tornou missão para os Maverick Hunters, resgatá-la.

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